本作の舞台は、5月4日に放送がスタートするテレビアニメ7期と同じく、ヒーローと敵＜ヴィラン＞の戦いによって荒廃し、敵＜ヴィラン＞収容施設から脱獄した者・ダツゴクが蔓延る社会。デクたちヒーローと敵＜ヴィラン＞の最終決戦の直前、世界を揺るがす大きな事件が巻き起こる。
2020年，网络对于如今人们的生活而言已经是不可或缺的一部分。但是，人类所不知道的是，在网络的另一面有着一个无限的世界——数码世界，以及居住在其中的数码兽……以首都圈为中心发生了大规模网络故障，乱
在散发着青春朝气的圣条学院，高一新生井上心叶（入野自由 配音）偶然结识了高二前辈天野远子（花泽香菜 配音），由此加入了天野担任部长只有她一名成员的文学部。天野是个奇怪的女孩，文学对她来说就是味道不同的食物，她拒绝着写满文字的纸片，动人优美的笔触甘之若饴，糟糕的文字则如鲠在喉却不忍弃之。除此之外，他们还面对全校开展代写情书的业务，只不过应者寥寥。这一天，信箱里收到久违的信件，可是纸上却只有一幅涂鸦。经过查询，那个涂鸦竟然来自诗人兼童话作家宫崎贤治。看似是一桩恶作剧，但却勾起了心叶对天才文学少女井上美羽和那名自杀女孩的痛苦记忆…… 本片根据野村美月的轻小说改编。
在远古的时代，宇宙中存在着分别代表光明与黑暗的两个文明，正如光与影永远是相互矛盾的，两个文明也长年处于战争之中，代表黑暗的文明为了取得胜利，就制造了一种高科技的战舰，这种战舰拥有超强的作战能力及穿越时空的能力，而且，还拥有自己的思想。然而，这种战舰却会把驾驶者作为自己的食粮，以此来增强自己的力量。这种黑色的战舰就像魔鬼一样，会把敌人彻底毁灭，但同时也会吞噬驾驶员的生命。而在同一时间，为了对抗敌人的黑色战舰，代表光明的文明也创造了一艘白色战舰与黑色战舰抗衡。后来，两个文明都原因不明地消失了，而那些战舰却依然存在在宇宙的某个角落里，新时代的人为他们起了个名字——遗失之舰（LostShips） 故事发生的世界，是设定为Slayers中所称的“异世界”。故事重心围绕在“遗失之舰——飞天一号”上。而统治这个世界的魔王正是在中被消灭的异界魔王——黑暗之星。 由于将精神力变换为能量的“精神物理学”的发达，产生了超越光速技术的遥远未来。主人公凯恩在这个世界里解决着发生的各种各样的事故，这种工作称之为“TROUBLE CONTRACTOR”(麻烦终结者，简称T.C）。 凯恩（kane）的伙伴是加娜（Canal），表面上是人类，实际上是飞天一号的主电脑的立体投射映像。性格很可怕的，凯恩（kane）因为惹她生气而被扔出宇宙船（在宇宙中啊……生命啊）作为报复。 另一个伙伴是想成为“宇宙第一”的米丽（米Mill），原来米丽（mill）是个侦探，因为凯恩（kane）的关系被解雇，也成为了T.C。米丽（mill）的枪法和料理都非常好……就是料理的时候厨房会遭殃……
某天放学后，贵明一行人被小麻学姐叫到学生会参加刚刚开发的新游戏测试。在游戏启动的时候，众人瞬间被强光包围。当睁开眼睛时，他们发现自己已经身处在未知的世界当中，而所穿的装束也被变成了和RPG冒险者一
故事的序曲从国中一年级开始。长相乖巧可爱的少女吉冈双叶（内田真礼 配音）不擅长应付男生，总觉得男生很讨厌，唯独隔壁班的田中，在她眼中是一个特别的存在。然而，和田中的青涩恋情还没开始，就随着他的转校而凋谢。 转眼间，双叶已经是高一学生。因为国中时曾经被班上的女生排挤，她决定伪装自己原本的样子。 在一个平常的课间，她意外遇见一个长得很像田中的男生，他的身高和声音都跟国中时相差很大，这个叫马渕洸（梶裕贵 配音）的男生究竟是不是当年那个腼腆秀气的田中？ 砰然心跳，稚嫩青涩的闪烁青春，已经拉开帷幕。
初中生小野泽未来（花村怜美 配音）是一个叛逆的少女，虽然有着幸福的家庭和可爱的弟弟小野泽悠贵（小林由美子 配音），但日复一日的平静生活让未来觉得十分厌倦。这一天，一切都改变了，东京发生了震度为8.0级的超级大地震，未来所熟悉的街道和设施在煞那间全部崩坏了，周围充斥着哭喊和哀嚎的人们。为了和失散的父母团聚，未来和悠贵决定朝着家的方向前进。 在路上，姐弟两遇见了成熟稳重的摩托车骑手日下部真理（泷川雅美 配音），三人决定一同行动。在经历了火灾、余震、疾病等危机的同时，未来逐渐明白了家人和爱的意义。家就在前方，未来和悠贵，他们能够顺利完成这段危险的路程吗？
20世纪，人类和被称作monster的生物们之间发生了一场很大的战争。这场激烈的令人无法想象的战争最后以monster一方的胜利告终。随着时间的流逝，人们逐渐忘记了这件事，迎来了新世纪。一日，过着无聊的高中生活的主人公，少年ボッカ面前出现了一名曾与怪物作战的战士——黑船，“你们为什么会忘记了这个旋律！”......
男孩卡克的父亲是一名童话小说家，善良率真的他因为一篇童话惹恼了邪恶的黑暗皇帝，黑暗皇帝绑架并且囚禁了他。为了救出父亲，卡克踏上了漫漫旅途。黑暗皇帝得知此事，派出了许多爪牙，意在阻挠卡克的行动。 一路上，一匹青色的小马布林克一直不离不弃的跟在卡克的身边，每当卡克遇到了困难举步维艰之时，布林克都会给予卡克勇气和力量。随着时间的推移，卡克离故乡越来越远，离充满了危险和黑暗的目的地越来越近。途中，卡克结识了许多志同道合的朋友们，众人披荆斩棘，携手前进，彼此之间结下了十分深厚的友谊。然而，最终，这些朋友们却一个接着一个的消失了，巨大的打击之下，卡特醒来了，原来这悲伤的一切，都只不过是卡特的一个梦罢了。
时间为2138年。曾卷起一大风潮的虚拟现实体感型网络游戏《YGGDRASIL》即将迎来停服。玩家飞鼠在曾经以同伴和荣华自傲的根据地纳萨力克地下大坟墓，独自一人安静等待着那一刻。 但是，不料发生了“过了结束时间却还没有登出”的异常事态。NPC们开始以自己的意志行动，不止如此，纳萨力克之外展开了从未见过的异世界。飞鼠为了寻找过去的同伴，以公会名安兹·乌尔·恭自称，决定在异世界扬名立万。他与宣誓绝对忠诚的部下一同，向新的地域进军。
小桥若叶（小泽亚李 配音）是含着金汤匙出生的千金大小姐，从出生那一刻起就过着锦衣玉食的尊贵生活。这样的她本来可以进入贵族学校水莲女学院，和许多同她一样的千金一起学习生活，却因为成绩实在太差而考入了普通的女子高中。就这样，完全不谙世事，对成为辣妹有着无限幻想的若叶成为了一名普通的女高中生。 个性天真懵懂，拥有一手好厨艺的时田萌子（井泽美香子 配音）、特立独行，总是按照自己的想法行动的酷女孩黑川真鱼（市道真央 配音）、拥有高超的运动天赋却整日沉迷在腐女子的世界中的眼睛少女真柴直（村川梨衣 配音），在新的学校里，若叶很快就结交到了三名好友。
故事发生在艾雷西亚精灵学院之中，在这里学习深造的都是出身名门的千金大小姐们，她们要学会如何成为一名合格的精灵使。风早神人（古川慎 配音）是一名平凡的十六岁少年，一次意外之中，他撞见了少女克雷尔（木户衣吹 配音）出浴时的模样，又在误打误撞之中和她签订了契约，就这样，风早神人成为了学院之中唯一的男性精灵使。 成熟可靠温文尔雅的琳丝蕾特（优木加奈 配音），一本正经循规蹈矩的艾莉丝（石上静香 配音），表面看来大大咧咧但内心却十分娇羞的菲雅娜（大西沙织 配音），在这些可爱女孩子们的围绕下，神人会有着怎样趣味横生的校园生活呢？
本柄尽（吉永拓斗 配音）是一名平凡的少年，无论是个性还是样貌，都可以用“毫无特点”四个字形容，他的生活，亦和他的个性一样平淡无波澜。某日，本柄尽结识了名为风间阵（松冈祯丞 配音）的同龄少年，这阴差阳错的相遇彻底改变了本柄尽的命运。 在风间阵的带领之下，本柄尽开始接触到了五人制足球比赛，并且进入行业内赫赫有名的足球学校圣迹高中就读，加入了校内的足球队。尽管本柄尽对这项热血的运动毫无经验，但很快他便在激烈的竞赛之中展现出了永不言弃的可贵特质。木讷的守门员水树寿人（浪川大辅 配音）、沉默寡言的君下敦（小野大辅 配音）、大大咧咧的大柴喜一（宫野真守 配音），在队友们的信赖中，本柄尽和球队一起，向对手发起了挑战。
